รางวัลสำคัญๆบางส่วนซึ่งมูฮัมหมัด ยูนูสได้รับมีดังนี้

• 2527 รางวัลรามอน แมกไซไซ (รางวัลแมกไซไซ) ประเทศฟิลิปปินส์
• 2537 รางวัลมูลนิธิเวิลด์ฟู้ดไพรซ์
• 2539 รางวัลไซมอน โบลิวาร์จากองค์การยูเนสโก
• 2541 รางวัลสันติภาพซิดนีย์
• 2547 รางวัลนวัตกรรมทางสังคมและเศรษฐกิจจากหนังสือพิมพ์ ดิ อีโคโนมิสต์
• 2549 รางวัลแม่พระเทเรซ่า ก่อตั้งโดย คณะกรรมการรางวัลสหัสวรรษและนานาชาติแม่พระเทเรซ่า
• 2549 รางวันสันติภาพโซล
• 2549 รางวัลโนเบลสาขาสันติภาพ รับร่วมกับธนาคารกรามีน
• และรางวัลอื่นๆรวมเป็นจำนวนทั้งสิ้น 62 รางวัล

นอกจากนี้ ศาสตราจารย์ยูนูส ยังได้รับปริญญาดุษฎีกิตติมศักดิ์อื่นๆอีก 27 ครั้ง และรางวัลพิเศษอีก 15 รางวัล สามารถดูรายชื่อรางวัลทั้งหมดได้ที่เว็บไซต์ของธนาคารกรามีน

อดีตประธานาธิบดีสหรัฐฯ นายบิล คลินตัน เป็นผู้หนึ่งซึ่งเป็นปากเสียงสนับสนุนให้มอบรางวัลโนเบลแก่ มูฮัมหมัด ยูนูส เขาได้กล่าวเรื่องนี้ไว้ทั้งในนิตยสารโรลลิ่ง สโตนส์ และหนังสืออัตชีวประวัติ ชีวิตของข้าพเจ้า (My Life) ซึ่งเมื่อครั้งได้กล่าวปาฐกถาที่มหาวิทยาลัยแห่งแคลิฟอร์เนีย, เบิร์คเลย์ ในปีพ.ศ. 2545 เขากล่าวถึงนายยูนูสว่าเป็น “บุรุษผู้สมควรจะชนะรางวัลโนเบลมานานแล้ว(และ)ข้าพเจ้าจะกล่าวเช่นนี้ไปเรื่อยๆจนกว่าจะมีการมอบรางวัลแก่เขาเสียที”